Ensimmäiset Nekoconit järjestettiin Kuopion anime ja manga yhdistyksen (Kamy) nimissä vuosina 2006 ja 2008. Vuonna 2011 perustettiin Nekocon ry jonka nimissä järjestettiin vuoden 2011 Nekocon ja 2016 Winter Nekocon. Nekocon ry järjesti myös Animeconin vuosina 2012-2016.